Klub Wales itu tahu bahwa raihan satu angka di Swiss timur laut akan mengamankan laju mereka ke fase gugur dari Grup A, namun mereka justru kemasukan gol di babak kedua yang dibukukan Marco Mathys sehingga membuat tuan rumah yang sudah pasti tersingkir dapat meninggalkan kompetisi dengan rasa bangga.
Meski demikian, kekalahan ini tidak mencegah Swansea melaju karena Kuban Krasnodar gagal meraih kemenangan yang dibutuhkan saat mereka melawat ke markas Valencia di Spanyol sehingga gagal mendapatkan peringkat kedua.
Pemain Paraguay Lorenzo Melgarejo mencetak gol untuk membuat tim Rusia itu bermain imbang 1-1 setelah penyerang muda Paco Alcacer membawa juara grup Valencia unggul di Mestala, namun Kuban tetap tersingkir.
Pelatih Swansea akan lega saat melihat pasukannya melaju ke undian Senin bagi putaran gugur pertama, setelah mereka gagal membangun "start" yang menjanjikan di Grup A.
Klub Liga Utama Inggris itu memenangi dua pertandingan pembuka mereka, namun hanya mampu meraih dua angka dari empat pertandingan berikutnya dan tidak pernah menguasai permainan pada Kamis, yang dimainkan dalam situasi kabut tebal.
Kemungkinan karena masih merasakan dampak penundaan perjalanan serius pada Rabu yang memaksa mereka membatalkan sesi latihan malam menjelang pertandingan di AFG Arena, mereka menghabiskan sebagian besar pertandingan dengan tampil bertahan.
Setelah babak pertama yang berlangsung dalam tempo lambat, St Gallen mulai menebar ancaman pada babak kedua, namun kiper tim tamu Gerhard Tremmel melakukan dua penyelamatan bagus untuk menggagalkan peluang Roberto Rodriguez sebelum tendangan bebas Sebastien Wuethrich beberapa saat setelah menit ke-60.
St Gallen kemudian mencetak gol yang dianulir ketika Neil Taylor membelokkan umpan silang ke gawangnya sendiri, namun Wuethrich dinyatakan melakukan pelanggaran terhadap kapten Swansea.
Jose Canas menyapu tandukan Mathys sebelum melintasi garis gawang, namun Mathys membelokkan umpan silang mendatar Wuthrich menyusul tendangan bebas cepat untuk akhirnya membawa tim Swiss itu unggul saat pertandingan tinggal menyisakan 10 menit.
Pemain pengganti Pablo Hernandez melepaskan tembakan melebar yang merupakan peluang terbaik Swansea, namun mereka melaju dan akan bermain di sepak bola Eropa setelah Natal untuk pertama kalinya sepanjang sejarah mereka.
Sementara itu, juara Piala FA musim lalu Wigan Athletic tereliminasi dari Grup D, di mana mereka finis di posisi juru kunci grupnya setelah kalah 1-2 dari juara Slovenia Maribor.
Pada pertandingan pertama bagi pelatih baru Uwe Rosler, Wigan harus menang untuk memelihara peluang melaju ke babak berikutnya dan penalti yang dikonversi Jordi Gomez membawa mereka memimpin.
Bagaimanapun, Chris McCann diusir keluar lapangan beberapa saat kemudian karena menerima kartu kuning kedua setelah melakukan hand ball di kotak penalti, dan Dejan Mezga mampu mencetak gol penyama kedudukan setelah penaltinya digagalkan.
Zeljko Filipovic kemudian membawa Maribor unggul pada babak kedua, dan mereka mampu mempertahankan kemenangan meski Ales Mertelj dikartu merah pada fase akhir pertandingan.
Maribor lolos ke babak 32 besar berkat keunggulan rekor head-to-head mereka atas tim Belgia Zulte Waregem, yang kalah 0-2 dari juara grup Rubin Kazan.
Mantan juara Eropa PSV Einhoven hanya memerlukan satu angka untuk lolos dari Grup B, namun mereka tersingkir setelah kalah 0-1 di kandang sendiri dari Chornomorets Odessa, yang menjadi pemenang berkat gol Franck Dja Djedje dan membuat mereka melaju.
Klub Israel Maccabi Tel Aviv juga lolos, finis di peringkat kedua Grup F setelah mengalahkan Bordeaux 1-0 berkat penalti Eran Zahavi pada babak kedua.
